NicoPlayerに限った話ではないが、動画再生ソフトの多くは「DirectShowFilter」という機能を利用して動画の再生を行っている。
ニコニコ動画の場合、FLVもしくはMP4形式のファイルがアップロードされているが、最新のコーデック、もしくはコーデックパックがインストールされていない場合、動画再生ソフトでは再生できない。
解決方法としては最新の「ffdshow」をインストールしたあと、「FLV Splitter」をインストールすればOKだ。ffdshowは複数の開発者が作成しているため、ものによっては対応していないバージョンも存在する。現状ならば「clsid」にあるものを利用するのがオススメだぞ