特定のスパイウェアやウイルスに感染している場合、セキュリティソフトの動作に支障をきたす場合がある。特にSpybotでは、スキャン中に突然電源が落ちるといった症状が報告されている。
この場合、オンラインのウイルスチェックサービスを利用してウイルスに感染していないかを調べよう。ウイルスが発見できなかった場合は、パソコンを「診断スタートアップ」で起動し、セキュリティソフトで再度スパイウェアのチェックを行う。それでもダメなら、必要なファイルを外部記憶にバックアップしてからOSを再インストールするのも1つの手だ。